ISO22000强调体系的完整性，在9001体系中植入食品安全控制体系，要求在9001体系运行的基础上执行前提方案、操作性前提方案、HACCP计划。故必须明确三个层次的控制组合，各行其是才能有效运作。
    很多公司把前提方案和操作性前提方案混在一起，前提方案是GMP改版，旧版SSOP增加内容后转化为操作性前提方案，这样是很不适宜的，前提方案应与操作性前提方案做一个层次区分，确保公司内部对体系理解的一致性。
    ISO体系下运行的前提方案应分明层次：
1）前提方案，顾名思义，就是形成方案（文件）的完成某件事情的一个前提条件。包罗万象，生产条件、环境、人力资源提供、设备提供等等都是，在ISO体系下应将它明确为第1层次要求，即静态的前提条件要求，通常包括环境卫生要求、设备要求、厂房设计要求、厂区卫生要求、人员技能要求等等。不应将SSOP的8大方面都列进来。
2）操作性前提方案，也是前提方案之一，强调的是操作性的，即动态要求。应区别于前提方案内容以保证管理体系的层次性。应有针对性，不能笼统的引用GMP或SSOP。通过对流程的危害分析结果，针对某些容易引入危害的环节针对性的提出一组标准操作要求，以减少引入危害的可能。
通常是显著危害环节，但又不易采用即时、量化控制措施监控的环节才需要建立前提性操作方案。比如对原物料重金属危害的控制、用水安全、预防交叉污染、食品接触表面的清洁、防鼠防蝇等等，应该强调的是，它应该有非常明显的针对性，建立在前提方案的基础上。    以上两点都是重要的，但不适宜监控，即时反馈，所以通常采用验证的方法来确定其有效性。验证的方式及频率应建立在危害分析的基础上。
3)HACCP计划，是食品安全管理体系金字塔的顶端。务必要通过流程危害分析，要有非常强的针对性。选择能即时反应、明确量化的关键点进行控制。所谓关键，就是过了这村就没着店的点，没控制好改点后续就无法弥补缺失的。关键点在精不在多，一条生产线的关键点不应超过5个，但必须建立在前提方案和操作性前提方案有效执行的基础上，否则关键点控制是无意义的。关键点的限值、监控方法、监控频率应得到有效验证，以确保危害风险降低到可接受水平。
    ISO22000体系文件的建立应该遵循以上的一些原则建立的，确保文件层次的明晰。