另一方面，在建立ISO14000环境管理体系时如何有效、充分地识别、评价环境因素，在实施审核时如何审查组织在这方面的成效，是EMS工作中困难的任务之一，也是疑问多、难把握的地方。现就EMS实际工作中经常涉及到的几个疑难点的处理方法进行如下探讨：
1 环境因素识别的充分性
许多公司在识别、评价环境因素时能够比较全面地考虑污染物排放，而在考虑源头避免或减少污染物产生方面相对薄弱。ISO14001标准**特点之一是污染预防思想，即在产品、活动、服务各方面及全过程中要避免、减少及控制环境影响，要从“投入”和“产出”两方面去考虑环境因素。为此，在设计程序、识别和评价环境因素时，应考虑产品及其包装设计、工艺设计、原材料选用、能源资源消耗、运输仓储、有毒有害化学品使用、固体及液体废弃物管理、生产过程污染物产生排放、产品使用、服务及废弃等环节中可能产生有害或有益环境影响的因素。充分领会产品生命周期分析法的思想以及工艺过程分析法的思路，对全面识别环境因素是*有帮助的。
2 异常状态下的重要环境因素
某些公司在生产过程中产生了大量的污染物，但由于环保设备齐全，控制手段得力，各种污染物终均远**适用排放标准得到排放。因此，EMS工作人员认为这方面不存在重要环境因素。
这里存在误区。ISO14001标准“环境因素”定义及“4.3.1环境因素”条款中均要求确定现实具有或能够产生重大影响的重要环境因素，即应充分考虑三种时态及正常、异常、紧急三种运行状态下发生或可能发生重大环境影响的环境因素。针对上述案例，在**及实施相关程序时可考虑将正常状态下**排放标准的污染物排放作为一般环境因素，但同时**考虑环保设备发生故障时、定期维修时、人为失误时、生产过程中*量产生污染物时等异常或紧急状态下可能产生的严重环境影响。简单的方式是对进入环保装置之前或生产装备排放口的污染物排放状态进行重要性评价。以上所述适用于对可用强度、浓度、总量、速率、数量等方式实施限制的环境因素的评价，如污水排放、废气排放、噪声等。
无论对于生产装置口还是环保装置口，应分别对具体污染因子进行评价。
3 废弃物、能源、有毒有害化学品等方面的重要环境因素
废弃物（或使用能源的装置或有毒有害化学品）在任何一个企业里一般都是种类繁多，在识别和评价环境因素时，是分别逐一进行，还是作为一个问题统一提出，这也是一个值得探讨的问题。