三体系既有个性又有共性，共性是体系结构相同，运行模式相同，均以预防为主为原则，均是文件化的管理体系。所以认证三体系总体流程是相似的，只是在不同的环节进行具体活动不同。三体系认证的基本流程如下：

一、认证前企业诊断：对企业管理体系现状深入诊断、对企业现状进行分析，可寻求认证咨询机构的帮助。

二、培训：对企业内部全员培训，培训工作贯穿始终。

三、体系策划：结合企业实际策划体系、确定方针和目标。

四、文件编写：编制体系管理手册及有关程序。

五、体系试运行：依照体系要求，各部门有效的进入体系试运行阶段，核验体系是否完整、适用，进而完善体系文件。

六、评审：

(1)内部审核：针对内审发现不符合进行整改、完善体系。

(2)管理评审：对体系符合性、适合性和有效性进行评审。根据管理评审提出的改进事项采取纠正和预防措施。

七：认证审核：申请认证、递交文件，接受认证机构现场审核。