三体系认证（ISO9001、ISO14001及ISO45001认证），办理流程均需经过联系认证机构、提交申请文件、合同评审及签订、文审、现场审核、注册等流程。三体系认证为企业组织管理的重要部分，三种认证分别从不同方面规范企业活动及行为。具体办理方法如下：
1、ISO9001认证：侧重对产品质量的管理。
（1）文件管理规范化，例如各类质量手册、质量记录清单、技术文件，这些文件都需要有规范的批准签字及日期，发放流转记录也要齐全。
（2）管理评审及内审：管理评审及内审都需具备计划表、签到表、会议记录及报告等文件。
（3）业务体系管理：各类业务往来文件也要归档整理，包括台账、采购清单、原料成品台账、质量监控记录、设备清单、检修记录、发货清单、发货计划等内容。
（4）人事材料整理：岗位需求说明书、培训记录、任职要求等内容。
（5）后续流程：准备齐全后，可进行提交申请文件、合同评审及签订、文审、现场审核、注册等流程。
2、ISO14001认证：强调对环境因素的控制（主要指生态系统、公共环境等因素）。
（1）准备法规要求文件 ：包括排污监测报告、环评及批复意见、排污许可证、消防验收报告等内容，这些文件均需要标注好序号、日期，且有规范签字确认。
（2）准备体系达标类文件：具体可包括环境因素清单、环境体系监控记录，并且需整理应急设施档案及应急设施检查记录表等文件，与法规文件一致，均需标注好序号、日期，且有规范签字确认。
（3）后续：材料准备齐全后，开启认证流程，这一点与ISO9001类似。
3、ISO45001（OHSAS18001）是针对职业安全健康的认证，（主要是为了控制职业危害，保护职工的安全健康等）
（1）安全生产许可证等：表明企业具有安全生产条件的基本保障，各类实体生产制造企业均需具备。
（2）职业健康安全管理体系等：结合ISO45001的要求，将企业生产管理纳入认证体系的要求中来。
（3）公司各楼层紧急逃生平面图等：直接关于职工劳动安全与健康，需定期进行更新。
（4）后续流程：与ISO9001认证类似，也需经过后续流程完成注册。
ISO三体系是企业的万金油，各行各业的招投标都需要ISO三体系资质证书，企业如未申请ISO三体系证书，尽快申请，以备将来之需。